Cikal bakal Swaragama FM adalah sebuah radio kampus bernama Jawara 102 FM yang mengudara dari lantai 4 kampus Fakultas Teknik Elektro UGM. Keinginan Mohammad Amirulah, Anang Kurniawan, Afrizal Hernandar, serta beberapa personil Jawara agar UGM memiliki 1 radio universitas, mendapat dukungan Rektor UGM saat itu (Prof. Dr. Ichlasul Amal). Akhirnya 3 orang inilah yang serius mengurus perijinan ke Deparpostel. UU penyiaran yang belum mengakomodir adanya radio komunitas waktu itu membuat para pendiri memilih perijinan sebagai radio swasta niaga.

Pemilihan nama Swaragama sebagai nama radio merupakan hasil survey yang dilakukan para pendiri di lingkup civitas akademika dan alumni UGM. Nama Swaragama sebetulnya sudah ada sejak tahun 70-an. Radio kampus yang menjadi inspirasi radio Swaragama FM saat ini, menggunakan gelombang pendek (short wave, SW). Uniknya, studio radio tersebut juga berlokasi di lantai 4 UPT Perpustakaan Unit 2 UGM.

Swaragama FM sebagai sebuah radio swasta secara resmi berdiri pada tanggal 27 Februari 1999 dengan badan hukum bernama PT. Radio Swara Gadjah Mada. Setahun kemudian, Swaragama FM memulai siaran percobaan dengan frekuensi 98,45 Mhz dari lantai 4 gedung kampus Teknik Elektro UGM.

Sebagai radio pendatang baru dengan pola jam siaran yang tidak lazim membuat Swaragama FM berhasil menarik perhatian pendengar radio waktu itu. Survey AC Nielsen tahun 2002 langsung menempatkan Swaragama FM sebagai radio pendatang baru terbaik, radio khusus segmen remaja terbaik ke-2 dan radio dengan tingkat loyalitas pendengar tertinggi. Di tahun inilah Swaragama FM mulai menambah jam siaran dan menempatkannya sebagai radio anak muda pertama di Jogja yang siaran 24 jam nonstop.

Sejak berdiri hingga sekarang, Swaragama FM sudah 4 kali berganti slogan. Slogan awal yang digunakan saat siaran percobaan adalah “Dari Grafika Untuk Jogja”yang kemudian berubah menjadi “Makes Your Life In Harmony” saat pindah studio ke lantai 4 UPT Perpustakaan Unit 2 UGM di tahun 2000. Untuk mengukuhkan positioning sebagai radionya Akademia Jogja, Swaragama FM mengganti slogannya menjadi “The Station For Campus Community.” Mulai tahun ke-4, Swaragama FM menggunakan slogan “The Soundtrack Of Your Life,” karena Swaragama FM ingin menjadi bagian yang selalu ada dan mewarnai kehidupan pendengar setiap hari,seperti sebuah soundtrack lagu yang selalu diingat dan diceritakan kepada siapapun, kapanpun dan dimanapun.

3 Juni 2004, sejalan dengan kebijakan pemerintah soal pengaturan frekuensi, Swaragama FM menempati frekuensi baru di 101.7 MHz.

Pertengahan tahun 2008, Swaragama FM mengembangkan bisnisnya dengan membuat unit usaha baru, yaitu S! Production yang bergerak di bidang event organizer, STC (Swaragama Training Center) yang bergerak di bidang broadcast training dan sebuah sister radio yang membidik segmen keluarga bernama Radio JogjaFamily 100,9 FM.

Mulai 31 Januari 2009, Swaragama FM menempati kantor dan studio baru di Kompleks Bulaksumur Blok H Nomer 5 Yogyakarta. Kantor baru ini satu atap dengan kantor S! Production dan STC, serta studio radio JogjaFamily 100,9 FM.

Agustus 2010, lahirlah MyMagz. Sebuah unit usaha baru dengan produk free monthly magazine yang didistribusikan di wilayah DIY. Majalah ini merupakan pengembangan dari monthly newsletter bernama Kabar AJ, yang awalnya berisi publikasi aktivitas onair dan offair yang dilakukan Swaragama FM.

Kini, Swaragama FM masih menemani Akademia Jogja selama 24 jam nonstop dan semakin mudah diakses dimana saja dan kapan saja melalui live streaming dari PC, laptop, tablet PC, iPod Touch, iPhone, BlackBerry dan Android.